Lejos de ceder al tentador impulso que supone tratar de asomarse a la Bahía, el museo da un paso atrás asumiendo su posición en segunda línea con respecto al Paseo Pereda. Sin aspirar a un protagonismo evidente, el edificio renuncia a ser visto directamente desde la Bahía. La fachada a la calle Casimiro Sainz se retranquea más de 20m. con respecto a la alineación, creando una plaza longitudinal organizada en dos niveles que funciona como un importante salón urbano y acceso del museo.

Se libera así un tercio de la superficie del solar donde se propone una gran plaza que establece una relación diagonal directa con la plaza de Puertochico. La fachada oeste se entiende como telón de fondo de la Nueva Plaza. El cerramiento de vidrio, exhibe la actividad que se desarrolla en el interior del edificio, alejándose del modelo de museo ciego, misterioso e introspectivo. La fachada permite ver las complejas circulaciones, así como algunos de las actividades principales del museo.

La sección trasversal explica la relación de volúmenes. El nuevo edificio se plantea como una pieza unitaria dividida en su sentido longitudinal en tres bandas diferenciadas funcional, volumétrica y estructuralmente: La primera de ellas desde la Nueva Plaza funciona como gran vestíbulo-galería, albergando, además del acceso y todas las circulaciones verticales y horizontales del museo. La segunda, intermedia y por tanto más aislada del exterior, contiene la exposición permanente que queda protegida por las otros dos. La tercera banda, con siete alturas sobre la planta baja, contiene la consejería con acceso independiente desde el extremo sur la calle.